Programme détaillé

mercredi 22 juin 2016

Heures événement  
13:00 - 14:00 Accueil des participants - Accueil des participants, entrée de la manufacture des tabacs  
14:00 - 17:00 Tutoriel (MQ 003) - Tutoriel Cartographie avec R  
14:00 - 17:00 Tutoriel (MQ 210) - Tutoriel R2D2  
17:00 - 18:00 Pot d'accueil - Pot d'accueil, salle MD001  

jeudi 23 juin 2016

Heures événement  
08:00 - 08:30 Accueil - Accueil des participants aux Rencontres R  
08:30 - 09:00 Discours d'ouverture - Discours d'ouverture, Amphi MBI  
09:00 - 10:00 Session invité-e (Amphi MBI) - Pascal Martin: "Analyser des données de séquençage NGS avec R/Bioconductor: un survol des packages essentiels". Modératrice : Caroline Le Gall.  
10:00 - 10:30 Pause café - Pause café, salle MD001  
10:30 - 11:30 Analyse de données (Amphi MBI) - Classification & segmentation. Modératrice : Mélina Gallopin.  
10:30 - 10:50 › Package BlockSeg pour la détection rapide des frontières des blocs d'une matrice constante par blocs bruitée - Vincent Brault, INRA, AgroParisTech  
10:50 - 11:10 › Classification hiérarchique d'une matrice de distance avec contrainte d'adjacence - Pierre Neuvial, Laboratoire de Mathématiques et Modélisation d'Evry  
11:10 - 11:30 › Classification en présence d'outliers (données aberrantes) avec RMixmod (package de classification par modèles de mélanges) - Florent Langrognet, Laboratoire de Mathématiques de Besançon  
10:30 - 11:30 Modélisation (Amphi MBII) - Modélisation en R. Modérateur : Thibault Laurent.  
10:30 - 10:50 › Modèles de mutation : estimation paramétrique - Adrien MAZOYER, Laboratoire Jean Kuntzmann  
10:50 - 11:10 › VAM un package R pour l'analyse de Modèles d'Age Virtuel - Rémy Drouilhet, Laboratoire Jean Kuntzmann  
11:10 - 11:30 › Tendance nationale de l'Indice Poisson Rivière (IPR) estimée par un Modèle Additif Généralisé (GAM) - Michael Levi-Valensin, Commissariat Général au Développement Durable - Pascal Irz, Commissariat Général au Développement Durable
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11:30 - 12:30 Session invité-e (Amphi MBI) - Ryan Hafen: "Tools for analysis and visualization of large complex data in R" - Modératrice : Andrea Rau  
12:30 - 14:00 Repas et session posters (MD 001) - Déjeuner et session posters  
12:30 - 14:00 › airGR : un package pour l'utilisation de modèles hydrologiques pluie-débit - Olivier Delaigue, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture - IRSTEA  
12:30 - 14:00 › Comparing without gridding species distributions: calculating pairwise intersection, union and similarity between range maps in R - A. Marcia Barbosa, CIBIO/InBIO, Universidade de Évora  
12:30 - 14:00 › Descente de gradient stochastique sur le modèle de Cox : données longitudinales et coefficients dépendants du temps - Thibault Allart, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6  
12:30 - 14:00 › Etude de l'impact des covariables sur la qualité de prédiction des modèles d'interactions génotype x environnement - Vanessa CHOISI, Terres Inovia - Célia PONTET, Terres Inovia  
12:30 - 14:00 › Feasibility of particle genetics in humans - Claire Burny, Laboratoire de Biologie et Modélisation de la Cellule  
12:30 - 14:00 › Handling Missing Rows in Multi-Omics Data Integration: Multiple Imputation in Multiple Factor Analysis Framework - Valentin Voillet, Génétique, Physiologie et Systèmes d'Élevage - Magali SanCristobal, Génétique, Physiologie et Systèmes d'Élevage - Ignacio GONZALEZ, Mathématiques et Informatiques Appliquées  
12:30 - 14:00 › lncRNAs potentially implicated in inflammation related anemia: back and forth between bench and R. - Anthoula Gaigneaux, Laboratoire de Biologie Moléculaire et Cellulaire du Cancer  
12:30 - 14:00 › Recherche de variables environnementales explicatives de la qualité des graines de colza - Cindy LANOIX, TERRES INOVIA - Célia PONTET, TERRES INOVIA  
12:30 - 14:00 › Tests d'adéquation basés sur le maximum d'entropie : le package MaxEntGOFTest - Justine LEQUESNE, Laboratoire de Mathématiques Nicolas Oresme  
12:30 - 14:00 › Traitement des données manquantes dans un projet participatif sur la biodiversité des sols agricoles. - MARIO CANNAVACCIUOLO, UR LEVA (Légumineuses, Ecophysiologie Végétale, Agroécologie) – SFR 4207 QUASAV  
12:30 - 14:00 › Traitement, analyse et classification de signaux expérimentaux d'émission acoustique avec le langage R. - Oumar Issiaka TRAORE, Laboratoire de Mécanique et d'Acoustique  
14:00 - 15:30 Applications (Amphi MBI) - Table ronde entreprise. Modératrice : Anne Ruiz-Gazen  
15:30 - 16:30 Session invité-e (Amphi MBI) - Heather Turner: "Inclusion of women in the R community". Modératrice : Nathalie Villa-Vialaneix  
16:30 - 17:00 Pause café - Pause café, salle MD001  
17:00 - 17:40 Big data (Amphi MBI) - Données massives. Modératrice : Anna Choury  
17:00 - 17:20 › Forêts aléatoires pour l'apprentissage de données massives - Robin Genuer, INRIA, SISTM team & ISPED, INSERM U-897  
17:20 - 17:40 › R dans le développement d'une cellule Big Data et Analytics - Sylvain Coppéré, Keyrus  
17:40 - 18:30 Lightning talks (Amphi MBI) - Lightning talks 1 : 5 x 6 minutes + 15 minutes de questions. Modérateur : Vincent Brault.  
17:40 - 17:45 › Améliorer la qualité de son package R avec l'intégration continue - Géraud DUGE de BERNONVILLE, Valtech  
17:45 - 17:50 › Outils pour chercher de l'information sur R et se former - Nathalie Villa-Vialaneix, INRA, UR875, MIAT  
17:50 - 17:55 › The R Graph Gallery: une core-collection de graphiques R - Yan Holtz, Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques  
17:55 - 18:00 › Deep Learning avec R et H2O - Géraud DUGE de BERNONVILLE, Valtech  
18:00 - 18:05 › Groupe de Travail « Analyse des données textuelles sous R » - Nicolas Turenne, laboratoire interdisciplinaire science innovation société  
19:30 - 23:55 Repas de gala - Repas de Gala au Florida  

vendredi 24 juin 2016

Heures événement  
09:00 - 10:00 Visualisation (Amphi MBI) - Visualisation et interactivité Shiny. Modérateur : Stéphane Dray  
09:00 - 09:20 › Présentation du package rAmCharts - Jeffery Petit, Datastorm  
09:20 - 09:40 › Observatoire des prix des carburants : Visualisation Shiny app - Ignacio INOA, Microeconomix  
09:40 - 10:00 › R++, the Next Step - Christophe Genolini, Inserm U1027  
09:00 - 10:00 Analyse de données (Amphi MBII) - Analyse de données en industrie. Modérateur : Éric Matzner-Lober.  
09:00 - 09:20 › Etude de cas avec le package R rvest - Amélie NEVEUX, Groupe AVISIA  
09:20 - 09:40 › Analyse de parcours client en mode multicanal - Romain ANNE, Wide agency (Micropole Group) - Chrystel GALISSIE, Wide agency (Micropole Group) - Frédéric BOMY, Wide agency (Micropole Group) - Patrice MICHEL, Wide agency (Micropole Group)  
09:40 - 10:00 › Utilisation du carroyage INSEE combiné avec les communes - Anne GAYET, A.I.D.  
10:00 - 10:30 Pause café - Pause café, salle MD001  
10:30 - 11:30 Session invité-e (Amphi MBI) - François Husson: "De la simple vignette à l'enseignement par les MOOC, quelques idées pour améliorer la visibilité et l'accessibilité de son package R". Modérateur : Sébastien Déjean.  
11:30 - 12:30 Applications (Amphi MBI) - Applications omiques. Modératrice : Sandrine Laguerre.  
11:30 - 11:50 › Group and Sparse Group Partial Least Square Approaches Applied in Genomics Context - Benoit Liquet, Université de Pau et Pays de L'Adour  
11:50 - 12:10 › mixMint: A multivariate integrative approach to identify a reproducible biomarker signature across multiple experiments and platforms - Florian Rohart, The University of Queensland Diamantina Institute  
11:30 - 12:30 Modélisation (Amphi MBII) - Modélisation & analyse de données. Modératrice : Marie Chavent.  
11:30 - 11:50 › mbbefd: modélisation des taux de destruction en actuariat non vie - Christophe Dutang, Laboratoire Manceau de Mathématiques  
11:50 - 12:10 › extremefit : un package pour estimer les probabilités et quantiles conditionnels extrêmes - Kévin Jaunâtre, Laboratoire de Mathématiques de Bretagne Atlantique  
12:30 - 14:00 Repas et session posters (MD 001)  
14:00 - 15:00 Session invité-e (Amphi MBI) - Anne-Laure Boulesteix: "IPF-LASSO: integrative L1-penalized regression with penalty factors for prediction based on multi-omics data". Modérateur : Pierre Neuvial.  
15:00 - 15:45 Lightning talks (Amphi MBI) - Lightning talk 2 : 5 x 6 minutes + 15 minutes de questions. Modérateur : Xavier Gendre.  
15:00 - 15:05 › La méthode shock : réduction de dimension en inférence de réseaux - Mélina Gallopin, Université Paris Descartes  
15:05 - 15:10 › MixAll: Un logiciel de classification non-supervisée - Serge Iovleff, UMR 8524  
15:10 - 15:15 › tess3r : un package R pour l'estimation de la structure génétique des populations spatialisées - kevin caye, Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble  
15:15 - 15:20 › Outils pour l'analyse et la simulation de données RNA-seq - Alyssa Imbert, INRA, UR875, MIAT  
15:20 - 15:25 › BRCAnegApp : une application web Shiny pour aider les oncogénéticiens à classer les familles BRCA1/2 négatives selon leur risque de cancer du sein. - Youenn Drouet, Equipe Biostatistiques Santé - UMR CNRS 5558 Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, Unité de Prévention et d'Epidémiologie Génétique - Centre Léon Bérard
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15:45 - 16:15 Clôture et dernière pause café - Clôture des 5èmes Rencontres R suivi d'un café salle MD001  
  
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