Dans cette proposition de communication, nous présentons les packages R qui permettent d'analyser et de simuler des données issues des technologies de séquençage du transcriptome (RNA-seq). Dans un premier temps, nous ferons un tour rapide des packages qui permettent d'effectuer la normalisation et l'analyse différentielle. Puis, nous discuterons des méthodes pour inférer un réseau de gènes à partir de telles données et les packages R associés. Enfin, nous présenterons quels packages permettent de simuler des réseaux et des données transcriptomiques à partir de ces réseaux.